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教員・学生・スタッフの紹介
沖 真弥 (Oki, Shinya)
（2020.4.1～2024.3.31）
1977年、広島県生まれ。2000年、大阪大学工学部卒業。2007年、大阪大学大学院医学系研究科博士課程修了。同年より九州大学大学院医学研究院助教（〜2019年）、講師（〜2020年）を経て、現在、京都大学医学研究科特定准教授、JSTさきがけ研究員（兼任）。
世界中で行われたChIP-seq実験などのエピゲノミクスデータを統合したデータベース、ChIP-Atlas (https://chip-atlas.org)を開発している。その十数万件ものオミクス実験データを統合的に分析することにより、細胞分化制御や遺伝性疾患のしくみの解明、および創薬ターゲットの探索などをおこなっている。最近では、光学と化学を融合させた新規オミクス技術、photo-isolation chemistryを開発している。これは、様々な細胞タイプが混在する組織において「関心領域」に特定波長の光を照射すると、そのエリアだけのオミクス情報を引き出せる技術である。局所的な細胞集団のプロファイリングが可能となるこの新技術と、上述のデータ解析手法を駆使した多元的アプローチにより、器官形成や先天異常の原理を解き明かしたい。
グループメンバー
特定助教 ・ 本田 瑞季 ( Researchmap ＞ )
特定助教 ・ 木村 龍一 ( Researchmap ＞ )
教務補佐員 ・ 菅原 由美
JSPS特別研究員 ・ 鄒 兆南
大学院生 ・ 吉村 侑花（2023年3月修了）
- Honda, M., Oki, S., et al. High-depth spatial transcriptome analysis by photo-isolation chemistry. Nat Commun, 12, 4416, 2021.
- Oki, S., et al. ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data. EMBO Rep., 19(12), e46255, 2018.
- Hachisuga, M., Oki, S., et al. Hyperglycemia impairs left-right axis formation and thereby disturbs heart morphogenesis in mouse embryos. PNAS, 112(38), E5300-7, 2015.
- Oki, S., et al. SraTailor: Graphical user interface software for processing and visualizing ChIP-seq data. Genes cells. 19(12), 919-26, 2014.
- Oki, S., et al. Sulfated glycosaminoglycans are necessary for Nodal signal transmission from the node to the left lateral plate in the mouse embryo. Development. 134(21), 3893-904, 2007.