沖 真弥 (Oki, Shinya)





世界中で行われたChIP-seq実験などのエピゲノミクスデータを統合したデータベース、ChIP-Atlas (を開発している。その十数万件ものオミクス実験データを統合的に分析することにより、細胞分化制御や遺伝性疾患のしくみの解明、および創薬ターゲットの探索などをおこなっている。最近では、光学と化学を融合させた新規オミクス技術、photo-isolation chemistryを開発している。これは、様々な細胞タイプが混在する組織において「関心領域」に特定波長の光を照射すると、そのエリアだけのオミクス情報を引き出せる技術である。局所的な細胞集団のプロファイリングが可能となるこの新技術と、上述のデータ解析手法を駆使した多元的アプローチにより、器官形成や先天異常の原理を解き明かしたい。



 特定助教 ・ 本田 瑞季  ( Researchmap > )
 特定助教 ・ 木村 龍一  ( Researchmap > )
 教務補佐員 ・ 菅原 由美
 JSPS特別研究員 ・ 鄒 兆南
 大学院生 ・ 吉村 侑花(2023年3月修了)


沖 真弥 (Oki, Shinya)

  1. Honda, M., Oki, S., et al. High-depth spatial transcriptome analysis by photo-isolation chemistry. Nat Commun, 12, 4416, 2021.
  2. Oki, S., et al. ChIP-Atlas: a data-mining suite powered by full integration of public ChIP-seq data. EMBO Rep., 19(12), e46255, 2018.
  3. Hachisuga, M., Oki, S., et al. Hyperglycemia impairs left-right axis formation and thereby disturbs heart morphogenesis in mouse embryos. PNAS, 112(38), E5300-7, 2015.
  4. Oki, S., et al. SraTailor: Graphical user interface software for processing and visualizing ChIP-seq data. Genes cells. 19(12), 919-26, 2014.
  5. Oki, S., et al. Sulfated glycosaminoglycans are necessary for Nodal signal transmission from the node to the left lateral plate in the mouse embryo. Development. 134(21), 3893-904, 2007.


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